空间转录组：

在组织原位检测转录组基因表达的一种手艺，将基因表达情形与原始的组织切片染色图像举行整合，从而将组织中差别细胞的基因表达情形定位到组织的原始空间位置上，使我们可以在检测基因表达水平的同时获得基因在组织内部表达的空间位置信息。

为什么要做空间转录组
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• 基因的表达是具有时空性的，时间特异性可以通过对差别时间点的样本取材，使用测序手艺来剖析时间维度上细胞类型和基因表达模式
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• 作为生物体的基本组成单位细胞，并不是自力保存的，空间位置是决议其性子的要害因素，例如肿瘤微情形、原肠胚的三个胚层发育；

• 通例转录组测序和单细胞转录组测序都难以还原细胞所处的原始位置信息；

• 古板的原位杂交手艺又很难实现高通量检测。

主要应用研究偏向

1. 获得多种样本切片中高通量的基因表达剖析；

2. 展现正常和病理组织样本的生物学结构；

3. 无扩增等操作引入的偏好性且原位捕获mRNA信息；

4. 将转录组测序获得的数据回溯到原始组织形态上；

5. 靠近单细胞的区分率；

6. 无需解离样本；

7. 发明新的组织标记物。

Visium空间转录组基因表达芯片示意图

每张芯片包括4个捕获区域，每个捕获区域含有约5000个带有形码标记的空间位置点，而每个点又包括数百万条带有空间条形码的捕获寡核苷酸探针。组织mRNA在释放后与带有条形码的寡核苷酸相团结，可实现基因表达信息的捕获。

• 捕获区域规格：6.5*6.5mm；

• spot直径：55μm；

• spot和spot的中心距离：100μm；